Organização de baixas de DANFE e XML

Bom dia, tudo bem? Estou falando com o pessoal do suporte para ajustar nosso HUB, pois trocamos de servidor e foi desconfigurado. Nossas pastas tinham a organização de: CNPJ (nosso cliente) - Entrada/ Saída - ano- mês. As notas de saídas estão baixando certo. Mas as notas de entradas, não estou conseguindo configurar e o suporte me passou para entrar em contato com vocês. As entradas estão criando pastas de CNPJ dos fornecedores dos nossos clientes, e não como deveriam de estar, no caso indo para a pasta do cliente- entradas.